Autoagresia - tiež známa ako autoalergia - je výsledkom obrannej reakcie tela proti antigénom vlastných buniek. Inými slovami, telo považuje svoje vlastné bunky a tkanivá za nepriateľské a používa ich imunitný systém na ich zničenie. Výsledkom sú rôzne choroby. Obyčajný pemfigus je najbežnejším ochorením tohto typu. Zvyčajne sa objavuje medzi 3 a 5 rokmi a vyznačuje sa vezikulárnymi kožnými vyrážkami okolo očí, nosa a pier. Vezikuly potom prepukli do plochých vredov. Predisponované k tejto chorobe sú okrem iného akita, doberman, jazvečík, border kólia, newfoundland a labrador. Jeho variantom je pemphigus erythematodes, ktorý spôsobuje symetrické zmeny kože na hlave a ušiach, ktoré sa v lete zosilňujú. Pomerne často to trpia nemeckí a škótski pastieri. Na druhej stranepemphigus vulgaris sa prejavuje ako pustuly, pľuzgiere a erózie v miestach, kde koža prechádza do sliznice a v samotných membránach (napríklad v ústach, nosných dierkach, viečkach). Môže dôjsť dokonca k zápalu a strate pazúrov. Je to nevyliečiteľná forma pemfigu. Jeho typom je hojdací pemfigus s charakteristickými papilárnymi léziami, ktoré sa transformujú na chrasty - najčastejšie na ušiach, niekedy na trupe.
Focal lupus erythematosus zvyčajne nevyvoláva systémové príznaky, ale je obmedzený na pokožku v ústach, ktorá je červená a šupinatá. V lete sa zintenzívňuje a potom dochádza k sfarbeniu nosného zrkadla, ktoré praskne a kríži. Kolie sú zvlášť citlivé na lupus.
Voght-Koyanagi-Haradov syndróm sa vyznačuje sfarbením kože a vlasov a uveitídou (ktorá môže viesť k oslepnutiu). Najčastejšie sa vyskytuje u psov Akita Inu, ale vyskytuje sa aj u Setters, Goldens, Samoyeds, Bernardines a Shetlanders.
Eozinofilný syndróm sa zase skladá z niekoľkých chorobných celkov, ktoré zahŕňajú: eozinofilný disk (koža brucha a stehien je pokrytá žltooranžovými léziami), eozinofilný granulom (uzly a vredy sa vyvíjajú v ústach a zadných nohách) a eozinofilný vred (koža v mieste lézie). - najčastejšie na horných perách - je vydutý, červený a vlhký).
Svalová slabosť sa vyskytuje najmä u španielskych kurčiat, foxteriérov a Jack Russell teriérov. Hlavným príznakom je slabosť zvieraťa, únava rýchlo, nestabilná chôdza, slabosť zadných končatín, nalievanie potravy ihneď po jedle.
Eozinofilná myozitída sa najčastejšie vyskytuje v nemeckých ovčiakoch, rotvajleroch a dobermanoch. Vyznačuje sa zápalom masážnych svalov - pes nemôže zavrieť ani otvoriť ústa. Diagnóza týchto stavov je založená na rozhovore s majiteľom domáceho zvieraťa, klinických testoch, krvných testoch a alergických testoch. Histopatologické vyšetrenie je však rozhodujúce. Liečba je dlhá a často si vyžaduje celoživotné lieky.